
Древнерусская Нерехта первоначально располагалась на правом берегу реки Нерехты (приток реки Солоница). Считается, что освоение левого берега началось в XVI веке, однако Костромская археологическая экспедиция выявила наличие древнерусского слоя и в левобережье. Зафиксированы хозяйственные ямы с вещами XII—XIV веков (включая фрагмент стеклянного браслета, дно гончарного сосуда с клеймом в виде креста вписанного в круг). Подтверждено наличие культурного слоя и более позднего времени.
Первое упоминание о Нерехте относится к 1214 году, когда за неё боролись дети князя Всеволода Большое Гнездо. Нерехта упоминается также в 1362 году в житии Пахомия Нерехтского, основавшего в 3 верстах от города монастырь.
В 1406 году великий князь Василий I Дмитриевич отдал волость Нерехту своей супруге Софье Витовтовне. В это время здесь уже имели соляные варницы.
В 1462 году великий князь Василий Тёмный отдал Нерехту с варницами своей жене Марии Ярославне.
Около 1609 года Нерехта была сожжена и опустошена; по описи 1627 года жилища здесь наполовину стояли пустыми, варницы были оставлены.
Солеварение окончательно прекратилось в XVIII веке. До 1778 года Нерехта была пригородом Костромского уезда, а затем стала уездным городом. По описи в 1764 году в Нерехте были богатые купцы и зажиточные ремесленники; жители с успехом занимались огородничеством; действовали три ярмарки и еженедельные базары.
В историческом центре Нерехты на текущий момент преобладает застройка 19 века.